Zu finden ist sie beim Cakebaker. Es gibt einen Key für die Pagination, für den ich keine Doku finden konnte. Falls jemand in der offiziellen Doku etwas finden sollte, freue ich mich über jeden Hinweis und Kommentar.
Der Key lautet joins und erwartet ein Array das die Beziehung definiert.

In meinem Fall ist es so, dass Produkte und User in einer HABTM Beziehung stehen. Die Auflösungstabelle ist products_users und hat die übliche HABTM Struktur. Hier der Code, der für mich in der Index Funktion meines Controllers funktioniert.

function index() {
	$this->paginate = array(
		'Product' => array(
			'limit' => 2,
			'joins' => array( 
		        array( 
		            'table' => 'products_users', 
		            'alias' => 'ProductUser', 
		            'type' => 'inner',  
		            'conditions'=> array('ProductUser.product_id = Product.id') 
		        ), 
		        array( 
		            'table' => 'users', 
		            'alias' => 'User', 
		            'type' => 'inner',  
		            'conditions'=> array( 
		                'User.id = ProductUser.user_id', 
		                'User.id' => $this->user_id
		            ) 
		        )
		        )				
	         )
	);
	$this->set('products', $this->paginate('Product') );
}

Das ganze ist natürlich einiges an Code, es gibt auch eine Lösung die das meiste in den app_controller packt, die ich nicht benutze, aber der Vollständigkeit erwähnen wollte. Sollte jemand eine bessere Lösung kennen bitte ich um Erleuchtung